会社名(Ltdなどは省く事が多い), 地域名, 国名 例 AAA instruments, Tokyo, Japanアメリカや英国のような連合国の場合には、州名やカントリーも記載する。アメリカの州名は略称で良い。 例:GE Halthcare, Buckinghamshire, England, UK 例:Sigma-Aldrich…
記号 名称 Unicode 日本語変換 使用例 μ まいくろ 00B5 可能 ° ど 00B0 ° 25°C(角度), 180°(角度) Å オングストローム 00C5 不可 stub
やり方は12.3の場合と同じです。 詳細はこちら ====エラーが出たら====== 私の環境では、sambaが起動しておらず、Yast->System->services Managerでsmbを起動させようとしても、以下のようなエラーが出てsambaが起動しませんでした。 ERROR: cant't open…
openSUSE12.3をwindows8のネットワークドライブとして使う。 (openSUSE 13.2, windows8.1でも対応:2015/04/07追記) ネットワークドライブとして使うopenSUSE12.3の設定 Yast2->Samba ServerWorkgroup or Domain Nameに適当な名前を デフォルトは『WORKGROU…
高圧縮が可能な.tar.bz2をopenSUSEで使う時のコマンド解凍 $ tar jxf files.tar.bz2 圧縮(filesディレクトリをまとめて圧縮) $ tar jcf files.tar.bz2 files/
2012年4月リリースのAmberTools12をopenSUSEにインストールする方法。Amber12と同時にリリースされたAmberTools12。Amberで行うMD計算の前準備や解析用のソフトウェア群で、tleapやptrajcなどがあります。 MD計算をするためのAmber本体は、大学のクラスター…
質量分析スペクトル解析ソフトopenMSで、Bruker DaltonicsのflexControlで保存したファイルを開くとエラーが出る。その対処方法。 L': '<' character cannot be used in attribute value 'version'; use < instead( in line 33 column 44のようなエラーが…
最新版がNMRPipeのサイトからダウンロードできるよ!http://spin.niddk.nih.gov/NMRPipe/install/ トップ少し下の『NMRPipe Installation Files』のあたり。 2010年以降のNMRPipeは期限切れ回避方法はわかりません。 以下の以下の方法でもなぜか使えないです…
それ、10%くらいの酢酸で洗えば透明になるよ!His-tag精製の時にNiカラムに間違えてDTT入りバッファー通してしまったり、取説にある使用可能濃度だけ還元剤を入れたら、Niレジンが茶色くなってしまった。というのはよくあります。 茶色くなったNiが沈殿して…
PDBファイル形式の構造データから2次構造を計算してくれるDSSPで以下のようなエラーが出ることがある。 Error Something went wrong processing your request. basic_string::substrPDBファイルのATOMエントリーが規定通りの形式ではないために起こる。 ATO…
Linuxへのインストールの仕方は以前の記事参照 ESPriptの実行 $ ESPript 対話式にパラメーターを入力していく。とりあえず、動かしたい。 1. Alignment file from MULTALIN/CLUSTAL/MUSCLE/GCG/SEAVIEW/MAXHOM/THREADER/PDB with possibility PDB file for s…
http://espript.ibcp.fr/download/からESPript-2_3-www-3_06_02.tar.gz を適当な場所にダウンロードする。 解凍 $ tar zvfx ESPript-2_3-www-3_06_02.tar.gz g77をインストールする。以前の記事参照Makefileの10行目の F77 = f77 を F77 = g77-3.3に書き換え…
openSUSE 12.1にFortran 77コンパイラのg77およびFortran 95/2003/2008コンパイラのgfortranをインストールする方法。アプリケーションランチャー(左下のカメレオンマークのアイコン)からYaST2(Administration settings)を開く。YaST2->ソフトウェアマネ…
ClustalWの新バージョンclustal Omega(Sievers 2011)のコマンドラインでの使い方。Clustal Omegaの特徴は早くて そこそこ正確。しかし、v1.0.3現在アミノ酸配列にしか使えない。 (ClustalW2に比べると、より速く、正確性はアップ.Sievers 2011 Table1 参照)…
こちらに加筆修正しました。12.3の場合でもやり方は同じです。 openSUSE 12.3をWindowsのネットワークドライブとして使う。========================================================= ネットワークドライブとして使うopenSUSE12.1の設定 Yast2->Samba Serv…
NMRPipeのスクリプトはcshスクリプトですが、ファイル名はfid.comとかft.comにすることが多く、拡張子が.comなのでcshファイルとして認識されません。ですので、コメントアウトした行が色分けされず少々見にくいです。コメントアウトさせながらスクリプトを…
PDF ViewerのAcrobat Readerをインストールする。YaST->Software->Software Management Searchタブで『acroread』を検索して、チェックしてインストールする。アプリケーションランチャー(スタートメニュー)で『PDF』で検索するとでてくる。 コマンドライ…
OpenSUSE 11.4にはバグがあってSambaが起動しないようです。 YaST->Novel AppAmore ->AppAmore Control Panel で無効にすればSambaが起動できるようです。 $ sudo /etc/init.d/smb start Starting Samba SMB daemon $ ps ax|grep smbd 13650 ? S 0:00 /usr/s…
英語環境で使っているけれども、TeXなどの物書きでたまに日本語入力を使う人のための設定。YaST(Administrator setting)->System->LanguagePrimary Language をEnglish(US) で Secondary LanguagesのJapaneseをチェック ↓ OKすると日本語フォントなどをダウ…
PyMOLプラグインをドロップダウンリストメニューからインストールできる。これをアンインストールしたい場合は以下の様にする。例:WindowsでAPBS toolを削除したい場合 C:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL\modules\pmg_tk\startup\ 以下に存在する a…
OpenSUSE 11.2でNTP(Network Time Protocol:ネットワーク・タイム・プロトコル)で時刻を自動修正するための方法(私は英語環境で使用しているので、日本語は参考訳です。OpenSUSE 12.2日本語環境の訳とは違う可能性があります)アプリケーションランチャー…
購入したカスタム合成ペプチドを水やバッファーに溶解させるときは、ちゃんと溶けるかどうかドキドキです。溶解時の余計なトラブルや手間をなくすためには、溶かし方を事前に確認しておきたいものです。 ということで、ペプチドの受託合成をやっているメーカ…
2009年8月リリースのNMRPipeではtcl置場が変ったため、以前の記事のスクリプトでは起動しなくなっていますので書き換えました。 NMRスペクトルプロセッシングソフトのNMRPipeにはcsh用の設定ファイルしか用意されてないため、bashやzshからは起動できません…
NMRPipeの期限切れ(Expiration Error)エラー回避の方法です。
lzma形式のファイルを解凍・圧縮する。(OpenSUSE11.1の場合) 解凍 >unlzma ファイル.lzma 圧縮 >lzma 圧縮したいファイル #圧縮したいファイル.lzmaができる .tar.lzma(または.tlz)形式のファイルを解凍・圧縮する (OpenSUSE 11.1付属のtar 1.20で解凍・圧縮…
Windows版PymolでAPBSを使って静電ポテンシャルを描く方法その1(APBSを使わずに、とりあえず表示させたい場合)はこちら Pymolに静電ポテンシャルを表示するAPBS tools プラグインはすでに入っているが、静電ポテンシャルを計算するAPBSをインストールする…
とりあえず、面倒な設定なしで表示させたい!というときは、PymolにあるVaccume Electrostatisticsを使えば表示できます。 ●Pymolをご利用になったことがない方へPymolの使い方は、ライフサイエンス統合データベースセンターが公開している以下のムービーな…
modellerでModellerの基本的使い方1のようにファイルを用意して、いざ実行してみると以下のようなエラーがでて計算が開始されないことがあります。 read_te_290E> Number of residues in the alignment and pdb files are different: 152 146 For alignment …
NMRスペクトルプロセッシングソフトのNMRPipeにはcsh用の設定ファイルしか用意されてないため、bashやzshからは起動できません。 しかし、「漢ならばzshからも起動させたいものだ」と諸兄も考えていることと思います。NMRPipeをbash/zshから起動させるにはcs…
タンパク質のホモロジーモデリングソフトModellerの使い方 (Linux/MacOSXの場合)以下のチュートリアルにあるBasic Exampleの要約 http://salilab.org/modeller/tutorial/basic.html チュートリアルによると、modellerの使用方法は簡単だそうです。 ※ただし、…