バイオ実験論文でよく使う製品の製造会社の所在地

会社名(Ltdなどは省く事が多い), 地域名, 国名 例 AAA instruments, Tokyo, Japanアメリカや英国のような連合国の場合には、州名やカントリーも記載する。アメリカの州名は略称で良い。 例:GE Halthcare, Buckinghamshire, England, UK 例:Sigma-Aldrich…

バイオ論文でよく使う記号のUnicode対応表

記号 名称 Unicode 日本語変換 使用例 μ まいくろ 00B5 可能 ° ど 00B0 ° 25°C(角度), 180°(角度) Å オングストローム 00C5 不可 stub

openSUSE 13.1をWindows8のネットワークドライブとして使う。

やり方は12.3の場合と同じです。 詳細はこちら ====エラーが出たら====== 私の環境では、sambaが起動しておらず、Yast->System->services Managerでsmbを起動させようとしても、以下のようなエラーが出てsambaが起動しませんでした。 ERROR: cant't open…

openSUSEをWindows8のネットワークドライブとして使う。(Samba)

openSUSE12.3をwindows8のネットワークドライブとして使う。 (openSUSE 13.2, windows8.1でも対応:2015/04/07追記) ネットワークドライブとして使うopenSUSE12.3の設定 Yast2->Samba ServerWorkgroup or Domain Nameに適当な名前を デフォルトは『WORKGROU…

openSUSE 12.1で.tar.bz2形式ファイルを圧縮・解凍する。

高圧縮が可能な.tar.bz2をopenSUSEで使う時のコマンド解凍 $ tar jxf files.tar.bz2 圧縮(filesディレクトリをまとめて圧縮) $ tar jcf files.tar.bz2 files/

AmberTools12をopenSUSE 12.1にインストール

2012年4月リリースのAmberTools12をopenSUSEにインストールする方法。Amber12と同時にリリースされたAmberTools12。Amberで行うMD計算の前準備や解析用のソフトウェア群で、tleapやptrajcなどがあります。 MD計算をするためのAmber本体は、大学のクラスター…

openMSのTOPPでブルカーのファイルを開くとエラーが出る

質量分析スペクトル解析ソフトopenMSで、Bruker DaltonicsのflexControlで保存したファイルを開くとエラーが出る。その対処方法。 L': '<' character cannot be used in attribute value 'version'; use &lt; instead( in line 33 column 44のようなエラーが…

NMRpipeでexpiration errorが出た。

最新版がNMRPipeのサイトからダウンロードできるよ!http://spin.niddk.nih.gov/NMRPipe/install/ トップ少し下の『NMRPipe Installation Files』のあたり。 2010年以降のNMRPipeは期限切れ回避方法はわかりません。 以下の以下の方法でもなぜか使えないです…

Niレジンが還元剤で茶色くなってしまった。

それ、10%くらいの酢酸で洗えば透明になるよ!His-tag精製の時にNiカラムに間違えてDTT入りバッファー通してしまったり、取説にある使用可能濃度だけ還元剤を入れたら、Niレジンが茶色くなってしまった。というのはよくあります。 茶色くなったNiが沈殿して…

2次構造計算サーバDSSPでエラーが出た時

PDBファイル形式の構造データから2次構造を計算してくれるDSSPで以下のようなエラーが出ることがある。 Error Something went wrong processing your request. basic_string::substrPDBファイルのATOMエントリーが規定通りの形式ではないために起こる。 ATO…

ESPript 2.3のLinuxコマンドラインでの使い方

Linuxへのインストールの仕方は以前の記事参照 ESPriptの実行 $ ESPript 対話式にパラメーターを入力していく。とりあえず、動かしたい。 1. Alignment file from MULTALIN/CLUSTAL/MUSCLE/GCG/SEAVIEW/MAXHOM/THREADER/PDB with possibility PDB file for s…

アライメント作図ソフト ESPriptのLinuxへのインストールの仕方

http://espript.ibcp.fr/download/からESPript-2_3-www-3_06_02.tar.gz を適当な場所にダウンロードする。 解凍 $ tar zvfx ESPript-2_3-www-3_06_02.tar.gz g77をインストールする。以前の記事参照Makefileの10行目の F77 = f77 を F77 = g77-3.3に書き換え…

openSUSE 12.1にFortran コンパイラ(g77、gfortran)をインストールする。

openSUSE 12.1にFortran 77コンパイラのg77およびFortran 95/2003/2008コンパイラのgfortranをインストールする方法。アプリケーションランチャー(左下のカメレオンマークのアイコン)からYaST2(Administration settings)を開く。YaST2->ソフトウェアマネ…

Clustal Omega (Linux 版 v1.0.3)の使い方

ClustalWの新バージョンclustal Omega(Sievers 2011)のコマンドラインでの使い方。Clustal Omegaの特徴は早くて そこそこ正確。しかし、v1.0.3現在アミノ酸配列にしか使えない。 (ClustalW2に比べると、より速く、正確性はアップ.Sievers 2011 Table1 参照)…

openSUSE 12.1をWindowsのネットワークドライブとして使う。

こちらに加筆修正しました。12.3の場合でもやり方は同じです。 openSUSE 12.3をWindowsのネットワークドライブとして使う。========================================================= ネットワークドライブとして使うopenSUSE12.1の設定 Yast2->Samba Serv…

NMR Pipeのfid.comとft.comをvimで開くときcshファイルとして認識させて色付けする方法

NMRPipeのスクリプトはcshスクリプトですが、ファイル名はfid.comとかft.comにすることが多く、拡張子が.comなのでcshファイルとして認識されません。ですので、コメントアウトした行が色分けされず少々見にくいです。コメントアウトさせながらスクリプトを…

OpenSUSE 11.4でPDFを見る

PDF ViewerのAcrobat Readerをインストールする。YaST->Software->Software Management Searchタブで『acroread』を検索して、チェックしてインストールする。アプリケーションランチャー(スタートメニュー)で『PDF』で検索するとでてくる。 コマンドライ…

OpenSUSE 11.4でSambaが起動しない

OpenSUSE 11.4にはバグがあってSambaが起動しないようです。 YaST->Novel AppAmore ->AppAmore Control Panel で無効にすればSambaが起動できるようです。 $ sudo /etc/init.d/smb start Starting Samba SMB daemon $ ps ax|grep smbd 13650 ? S 0:00 /usr/s…

OpenSUSE 11.2で日本語入力

英語環境で使っているけれども、TeXなどの物書きでたまに日本語入力を使う人のための設定。YaST(Administrator setting)->System->LanguagePrimary Language をEnglish(US) で Secondary LanguagesのJapaneseをチェック ↓ OKすると日本語フォントなどをダウ…

PyMOLプラグインのアンインストール

PyMOLプラグインをドロップダウンリストメニューからインストールできる。これをアンインストールしたい場合は以下の様にする。例:WindowsでAPBS toolを削除したい場合 C:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL\modules\pmg_tk\startup\ 以下に存在する a…

OpenSUSE 11.2で時刻自動合わせ(NTP)の設定

OpenSUSE 11.2でNTP(Network Time Protocol:ネットワーク・タイム・プロトコル)で時刻を自動修正するための方法(私は英語環境で使用しているので、日本語は参考訳です。OpenSUSE 12.2日本語環境の訳とは違う可能性があります)アプリケーションランチャー…

合成ペプチドの溶かし方 リンク集

購入したカスタム合成ペプチドを水やバッファーに溶解させるときは、ちゃんと溶けるかどうかドキドキです。溶解時の余計なトラブルや手間をなくすためには、溶かし方を事前に確認しておきたいものです。 ということで、ペプチドの受託合成をやっているメーカ…

NMRPipe をBashやZshから使いたい。2009年8月版(Ver 5.0)対応

2009年8月リリースのNMRPipeではtcl置場が変ったため、以前の記事のスクリプトでは起動しなくなっていますので書き換えました。 NMRスペクトルプロセッシングソフトのNMRPipeにはcsh用の設定ファイルしか用意されてないため、bashやzshからは起動できません…

2008年リリースのNMRPipeで Expiration Error(期限切れ)が出た。

NMRPipeの期限切れ(Expiration Error)エラー回避の方法です。

lzma形式の解凍・圧縮

lzma形式のファイルを解凍・圧縮する。(OpenSUSE11.1の場合) 解凍 >unlzma ファイル.lzma 圧縮 >lzma 圧縮したいファイル #圧縮したいファイル.lzmaができる .tar.lzma(または.tlz)形式のファイルを解凍・圧縮する (OpenSUSE 11.1付属のtar 1.20で解凍・圧縮…

Pymolで静電ポテンシャル(表面電化)を表示させたいです。 その2 WindowsでAPBSを使って

Windows版PymolでAPBSを使って静電ポテンシャルを描く方法その1(APBSを使わずに、とりあえず表示させたい場合)はこちら Pymolに静電ポテンシャルを表示するAPBS tools プラグインはすでに入っているが、静電ポテンシャルを計算するAPBSをインストールする…

Pymolで静電ポテンシャル(表面電化)を表示させたいです。 その1

とりあえず、面倒な設定なしで表示させたい!というときは、PymolにあるVaccume Electrostatisticsを使えば表示できます。 ●Pymolをご利用になったことがない方へPymolの使い方は、ライフサイエンス統合データベースセンターが公開している以下のムービーな…

Modellerの基本的使い方 (Basic example) 2 : エラーが出ちゃったよ〜

modellerでModellerの基本的使い方1のようにファイルを用意して、いざ実行してみると以下のようなエラーがでて計算が開始されないことがあります。 read_te_290E> Number of residues in the alignment and pdb files are different: 152 146 For alignment …

NMRPipeをBashやZshからも使いたいよママン

NMRスペクトルプロセッシングソフトのNMRPipeにはcsh用の設定ファイルしか用意されてないため、bashやzshからは起動できません。 しかし、「漢ならばzshからも起動させたいものだ」と諸兄も考えていることと思います。NMRPipeをbash/zshから起動させるにはcs…

Modellerの基本的使い方 1 (Basic example)

タンパク質のホモロジーモデリングソフトModellerの使い方 (Linux/MacOSXの場合)以下のチュートリアルにあるBasic Exampleの要約 http://salilab.org/modeller/tutorial/basic.html チュートリアルによると、modellerの使用方法は簡単だそうです。 ※ただし、…