タンパク質ホモロジーモデリングソフト Modellerのインストール
＊このページは自分のメモを載せただけで、わかりにくい記述があるのでそのうちなんとかします。追記：たまに書き換えてます
Modellerのインストール方法 (Linux/MacOS X)
http://www.salilab.org/modeller/
ダウンロード
以下から、使用パソコンに適したコンパイル済みソフトをダウンロードする。
http://www.salilab.org/modeller/download_installation.html
Windows
Mac (Intel or PPC)
Linux (32-bit RPM)
Linux (64-bit x86_64 RPM)
Linux (64-bit ia64 RPM)
Generic Unix tarball
Linuxの３つのうちどれを選べばよいかは以下のコマンドを、コンソールに打てばわかる。
>uname -m x86_64 (x86_64・Linuxの場合)
- i386, i586など(Intel互換の 32 bit CPUに32bit OSを搭載）が出たら 32bitを選ぶ。
- x86_64 (Intel互換の64bit CPUに64bit OSを搭載)が出たら、x86_64を選ぶ。
- ia64 (Intel Itaniam CPU）が出たら、ia64を選ぶ。
- その他のCPUを使用している場合は、Generic Unix tarballから自分でコンパイルする必要がある。
#x86_64のCPU(64bit CPU : Core2Duoなど)は32bit CPUとしても動作しますので、同じCPUでも32bit OSをインストールすると、32bit CPUの表示がでます。
#ia64のItaniamはSGIのLinuxサーバなどに搭載されています。Itaniamはあまり人気がないサーバ向けCPUなので、お目にかかることは少ないと思われます。
インストール
あらかじめライセンス・キー（無料）を手に入れておく。申請から１日程度でメールで届いたと思う。
環境変数としてライセンスキーをエクスポートしてから、rootユーザでインストール。
>env KEY_MODELLER9v5=XXXX #XXXXの部分を実際のライセンスキーに >sudo rpm -Uvh modeller-9v5-1.i386.rpm
OpenSUSE11.1の場合、/usr/lib/modeller9v5 にインストールされる。
設定
/usr/lib/modeller9v5/modlib/modeller/config.pyを開くと以下のような２行が書かれているので、XXXをライセンスキーに変更する。
install_dir = r'/usr/lib/modeller9v5' license = 'XXXX'
modellerはプログラム言語Pythonのモジュール（ライブラリ：サブルーチン集）として提供されている。
Pythonモジュールは"/usr/lib/python2.5"などに保存されているが、Pythonのバージョンごとに別の保存場所が用意されている。
Modellerにはpython自体も付属しておりインストールすると、Modeller付属のpythonのバージョン用のモジュール格納ディレクトリにmodellerがインストールされる。しかし、modellerに付属しているpythonのバージョンとインストールしてあるpythonのバージョンが合わないとimportできない。
＃例えばmodeller 9v5にはpython2.5が付属しており、modellerは/usr/lib/python2.5にインストールされる。自分のLinuxに最新版のPython 2.6をインストールしていた場合、/usr/lib/python2.6に格納しているモジュールを参照するため、Modellerが見つからない。
そこで、勝手にインストールされたディレクトリから、自分が使っているpythonのバージョンのディレクトリに移動させる。
modeller9v5にはpython2.5が入っており、以下にmodellerのモジュールが追加されていた。
OpenSUSE 11.1 64bitの場合
/usr/lib64/python2.5/site-packages/modeller.so /usr/lib64/python2.5/site-packages/modeller/
なのでこれを自分が使っているpython2.6の方に移動させた。
#モジュールが格納される場所はlinuxのバージョンにより少し異なる可能性があります。
/usr/lib64/python2.6/site-packages/.
移動させたくなかったら以下のようにサーチパスにディレクトリを追加すればOK。
Python のインストール済みモジュールのサーチパスは
>python #pythonを起動 >>>import sys >>>sys.path
とすると、
['', '/usr/lib/python26.zip', '/usr/lib64/python2.6', '/usr/lib64/python2.6/plat-linux2', '/usr/lib64/python2.6/lib-tk', '/usr/lib64/python2.6/lib-old', (以下略）
などと表示される。
モジュールをimportするときは、上記のディレクトリが順に検索され、該当モジュールが見つかったらimportされる。
modeller本体を上記の既存のサーチされるディレクトリに入れるか、modellerの存在するディレクトリをpythonのモジュール・サーチパスに加える必要がある。
pathに任意のディレクトリを追加するにはPythonスクリプト内に以下の赤字部分を追加する
#!/usr/bin/python sys.path.append('/usr/bin/hoge/modeller') (以下スクリプトを記述）
とする。
以上で使えるようになる
コンソールからpythonを起動し、modellerがimportされることを確認。
>python >>>from modeller import *
正常にインストールされていると、インポート時にmodellerの著作権情報などが表示される。
