AmberTools12をopenSUSE 12.1にインストール

2012年4月リリースのAmberTools12をopenSUSEにインストールする方法。

Amber12と同時にリリースされたAmberTools12。Amberで行うMD計算の前準備や解析用のソフトウェア群で、tleapやptrajcなどがあります。
MD計算をするためのAmber本体は、大学のクラスターなどにインストールされているものを使う場合も、手元のPCにAmberToolsを用意しておくと便利です。

http://ambermd.org/#AmberTools
からAmberTools12.tar.gzをダウンロード。
(Amberは有料ですが、AmberToolsは無料です。)

$ tar jxf AmberTools12.tar.bz2 #解凍
$ cd AmberTools12

$ ./configure gnu   #コンパイルの準備 (gnuコンパイラを使う場合。)
#この時アップデートを適用するかと聞かれるので
# "y" と入力します。

$ make install                 #コンパイル

#amberのソースコードが見つからないと警告が出ますが、
#今回amberはインストールしないので問題ありません。

$ make test          #時間があれば正常にインストールされたか確認。

これで
./amber12/bin
にtleapなどがインストールされています。
あとはパスを通して置きます。

$ vi ~/.bashrc

の適当な場所に以下を書き加えます。(最後の行などに)

PATH="$PATH":/AmberToolsがあるディレクトリ/amber12/bin

最後に確認。

$ source ~/.bashrc
$ tleap             #立ち上がるか確認

これでtleapが問題なく立ち上げればインストール成功です。



コンパイラintel compilerがインストールされていれば、gnuではなくintelとします。

$ ./configure intel
$ make install

intel compilerはlinux用が無償で配布されています。
しかし、Amber Tools自体はそれほどCPUを使いませんので、GNUコンパイラでもいいと思います。

compilerが見つからないとエラーが出た場合はGNUコンパイラをインストールします。
openSUSEのアプリケーションランチャー(左下カメレオン)からYaSTを開く。
ソフトウェアマネージメントを開く。
上に並んたダブからパターンを開く。
DevelopmentのBase Developmentにチェックを入れる。
この時、右側ウインドウに出た一覧の
gcc
gcc-c++
gcc-fortran
にチェックが入っていると思います。
これでインストールできます。