AmberTools12をopenSUSE 12.1にインストール
2012年4月リリースのAmberTools12をopenSUSEにインストールする方法。
Amber12と同時にリリースされたAmberTools12。Amberで行うMD計算の前準備や解析用のソフトウェア群で、tleapやptrajcなどがあります。
MD計算をするためのAmber本体は、大学のクラスターなどにインストールされているものを使う場合も、手元のPCにAmberToolsを用意しておくと便利です。
http://ambermd.org/#AmberTools
からAmberTools12.tar.gzをダウンロード。
(Amberは有料ですが、AmberToolsは無料です。)
$ tar jxf AmberTools12.tar.bz2 #解凍 $ cd AmberTools12 $ ./configure gnu #コンパイルの準備 (gnuコンパイラを使う場合。) #この時アップデートを適用するかと聞かれるので # "y" と入力します。 $ make install #コンパイル #amberのソースコードが見つからないと警告が出ますが、 #今回amberはインストールしないので問題ありません。 $ make test #時間があれば正常にインストールされたか確認。
これで
./amber12/bin
にtleapなどがインストールされています。
あとはパスを通して置きます。
$ vi ~/.bashrc
の適当な場所に以下を書き加えます。(最後の行などに)
PATH="$PATH":/AmberToolsがあるディレクトリ/amber12/bin
最後に確認。
$ source ~/.bashrc $ tleap #立ち上がるか確認
これでtleapが問題なく立ち上げればインストール成功です。
コンパイラはintel compilerがインストールされていれば、gnuではなくintelとします。
$ ./configure intel $ make install
intel compilerはlinux用が無償で配布されています。
しかし、Amber Tools自体はそれほどCPUを使いませんので、GNUコンパイラでもいいと思います。
compilerが見つからないとエラーが出た場合はGNUコンパイラをインストールします。
openSUSEのアプリケーションランチャー(左下カメレオン)からYaSTを開く。
ソフトウェアマネージメントを開く。
上に並んたダブからパターンを開く。
DevelopmentのBase Developmentにチェックを入れる。
この時、右側ウインドウに出た一覧の
gcc
gcc-c++
gcc-fortran
にチェックが入っていると思います。
これでインストールできます。