Clustal Omega (Linux 版 v1.0.3)の使い方

ClustalWの新バージョンclustal Omega(Sievers 2011)のコマンドラインでの使い方。

Clustal Omegaの特徴は早くて　そこそこ正確。しかし、v1.0.3現在アミノ酸配列にしか使えない。
(ClustalW2に比べると、より速く、正確性はアップ.Sievers 2011 Table1 参照）

インストールはバイナリ版が置いてあるので、それを適当な場所にコピーするだけです。

ウェブ版はこちら

clustalW2では対話形式のコマンド入力ができたが、Omegaではソフトウェア名の後にオプションを一行で入力する。

とりあえず、走らせたい

$ clustalo -i 配列ファイル.fasta -o　出力ファイル名.aln 

何も考えず--autoオプションつけたほうが良い。

$ clustalo --auto -i 配列ファイル.fasta -o 出力ファイル

オプションをいろいろつけられるが、よくわからないという人はとりあえず--autoをつけておく。
iteration回数が増えたりする。たいていこの方が良くなるので何も考えずに--autoをつけておいたらよい。

上書きしたい

$ clustalo --auto -i 配列ファイル.fasta -o 出力ファイル.aln --force

同じ名前の出力ファイルに上書きします。

Sievers, Fabian et al. 2011. “Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.” Molecular Systems Biology 7:539. Retrieved October 11, 2011 (http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=3261699&tool=pmcentrez&rendertype=abstract).