高圧縮が可能な.tar.bz2をopenSUSEで使う時のコマンド解凍 $ tar jxf files.tar.bz2 圧縮（filesディレクトリをまとめて圧縮） $ tar jcf files.tar.bz2 files/

2012年4月リリースのAmberTools12をopenSUSEにインストールする方法。Amber12と同時にリリースされたAmberTools12。Amberで行うMD計算の前準備や解析用のソフトウェア群で、tleapやptrajcなどがあります。 MD計算をするためのAmber本体は、大学のクラスター…

質量分析スペクトル解析ソフトopenMSで、Bruker DaltonicsのflexControlで保存したファイルを開くとエラーが出る。その対処方法。 L': '<' character cannot be used in attribute value 'version'; use &lt; instead( in line 33 column 44のようなエラーが…

最新版がNMRPipeのサイトからダウンロードできるよ！http://spin.niddk.nih.gov/NMRPipe/install/ トップ少し下の『NMRPipe Installation Files』のあたり。 2010年以降のNMRPipeは期限切れ回避方法はわかりません。 以下の以下の方法でもなぜか使えないです…

それ、10%くらいの酢酸で洗えば透明になるよ！His-tag精製の時にNiカラムに間違えてDTT入りバッファー通してしまったり、取説にある使用可能濃度だけ還元剤を入れたら、Niレジンが茶色くなってしまった。というのはよくあります。 茶色くなったNiが沈殿して…

PDBファイル形式の構造データから２次構造を計算してくれるDSSPで以下のようなエラーが出ることがある。 Error Something went wrong processing your request. basic_string::substrPDBファイルのATOMエントリーが規定通りの形式ではないために起こる。 ATO…

Linuxへのインストールの仕方は以前の記事参照 ESPriptの実行 $ ESPript 対話式にパラメーターを入力していく。とりあえず、動かしたい。 1. Alignment file from MULTALIN/CLUSTAL/MUSCLE/GCG/SEAVIEW/MAXHOM/THREADER/PDB with possibility PDB file for s…

http://espript.ibcp.fr/download/からESPript-2_3-www-3_06_02.tar.gz を適当な場所にダウンロードする。 解凍 $ tar zvfx ESPript-2_3-www-3_06_02.tar.gz g77をインストールする。以前の記事参照Makefileの10行目の F77 = f77 を F77 = g77-3.3に書き換え…

openSUSE 12.1にFortran 77コンパイラのg77およびFortran 95/2003/2008コンパイラのgfortranをインストールする方法。アプリケーションランチャー（左下のカメレオンマークのアイコン）からYaST2（Administration settings)を開く。YaST2->ソフトウェアマネ…

ClustalWの新バージョンclustal Omega(Sievers 2011)のコマンドラインでの使い方。Clustal Omegaの特徴は早くて そこそこ正確。しかし、v1.0.3現在アミノ酸配列にしか使えない。 (ClustalW2に比べると、より速く、正確性はアップ.Sievers 2011 Table1 参照）…