PyMOLプラグインをドロップダウンリストメニューからインストールできる。これをアンインストールしたい場合は以下の様にする。例：WindowsでAPBS toolを削除したい場合 C:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL\modules\pmg_tk\startup\ 以下に存在する a…

OpenSUSE 11.2でNTP（Network Time Protocol:ネットワーク・タイム・プロトコル)で時刻を自動修正するための方法（私は英語環境で使用しているので、日本語は参考訳です。OpenSUSE 12.2日本語環境の訳とは違う可能性があります）アプリケーションランチャー…

購入したカスタム合成ペプチドを水やバッファーに溶解させるときは、ちゃんと溶けるかどうかドキドキです。溶解時の余計なトラブルや手間をなくすためには、溶かし方を事前に確認しておきたいものです。 ということで、ペプチドの受託合成をやっているメーカ…

2009年8月リリースのNMRPipeではtcl置場が変ったため、以前の記事のスクリプトでは起動しなくなっていますので書き換えました。 NMRスペクトルプロセッシングソフトのNMRPipeにはcsh用の設定ファイルしか用意されてないため、bashやzshからは起動できません…

NMRPipeの期限切れ（Expiration Error）エラー回避の方法です。

lzma形式のファイルを解凍・圧縮する。(OpenSUSE11.1の場合) 解凍 >unlzma ファイル.lzma 圧縮 >lzma 圧縮したいファイル #圧縮したいファイル.lzmaができる .tar.lzma(または.tlz)形式のファイルを解凍・圧縮する (OpenSUSE 11.1付属のtar 1.20で解凍・圧縮…

Windows版PymolでAPBSを使って静電ポテンシャルを描く方法その１（APBSを使わずに、とりあえず表示させたい場合)はこちら Pymolに静電ポテンシャルを表示するAPBS tools プラグインはすでに入っているが、静電ポテンシャルを計算するAPBSをインストールする…

とりあえず、面倒な設定なしで表示させたい！というときは、PymolにあるVaccume Electrostatisticsを使えば表示できます。 ●Pymolをご利用になったことがない方へPymolの使い方は、ライフサイエンス統合データベースセンターが公開している以下のムービーな…

modellerでModellerの基本的使い方1のようにファイルを用意して、いざ実行してみると以下のようなエラーがでて計算が開始されないことがあります。 read_te_290E> Number of residues in the alignment and pdb files are different: 152 146 For alignment …

NMRスペクトルプロセッシングソフトのNMRPipeにはcsh用の設定ファイルしか用意されてないため、bashやzshからは起動できません。 しかし、「漢ならばzshからも起動させたいものだ」と諸兄も考えていることと思います。NMRPipeをbash/zshから起動させるにはcs…

タンパク質のホモロジーモデリングソフトModellerの使い方 (Linux/MacOSXの場合)以下のチュートリアルにあるBasic Exampleの要約 http://salilab.org/modeller/tutorial/basic.html チュートリアルによると、modellerの使用方法は簡単だそうです。 ※ただし、…

＊このページは自分のメモを載せただけで、わかりにくい記述があるのでそのうちなんとかします。追記：たまに書き換えてますModellerのインストール方法 (Linux/MacOS X) http://www.salilab.org/modeller/ ダウンロード 以下から、使用パソコンに適したコン…

NMRの構造解析用ソフトウェアCYANAをMacOSX(10.4 Tiger)にインストールする。（フリーソフトウェアのGNU Fortran compilerを使用する場合）MacOSXにはデフォルトではFortanコンパイラが入っていないので、MacPortを使ってg95をインストールします。（MacPort…