Pymolで静電ポテンシャル(表面電化)を表示させたいです。 その1

とりあえず、面倒な設定なしで表示させたい!というときは、PymolにあるVaccume Electrostatisticsを使えば表示できます。

●Pymolをご利用になったことがない方へ
Pymolの使い方は、ライフサイエンス統合データベースセンターが公開している以下のムービーなどをご覧ください。
インストールから簡単な使い方まで説明がされています。
http://www.youtube.com/watch?v=jlOH5zo2SGM


やり方
Actions([A]アイコン)→generate→vaccume electrostatics→protein contact potential(local)



しかし、これは真空中の静電ポテンシャルであり、溶媒は考慮していないためにそれほど正確ではないようです。
もっと正確な静電ポテンシャルが必要な場合はAPBSを使えば計算出来ます。

つづく・・・