Pymolで静電ポテンシャル（表面電化）を表示させたいです。　その２　WindowsでAPBSを使って

Windows版PymolでAPBSを使って静電ポテンシャルを描く方法

その１（APBSを使わずに、とりあえず表示させたい場合)はこちら

Pymolに静電ポテンシャルを表示するAPBS tools　プラグインはすでに入っているが、静電ポテンシャルを計算するAPBSをインストールする必要がある。

APBSプロジェクトのサイト
http://apbs.sourceforge.net/　　（googleでAPBSで検索すると一番上に出る）
の下の方にある

The most recent version of APBS can be obtained in source code and binary forms here: http://agave.wustl.edu/apbs/download

を開いて、mailアドレスと大学名を入力して、下の方のsubmit ボタンを押す。
（必要ならチェックも外す。チェックをつけたままだとメーリングリストに登録される）

ダウンロードページが出るので、緑のDownloadボタンを押して、でてきたページのapbs-1.1.0（あるいは一番新しいバージョン）のDownloadの所をクリック。

次のページの中から自分のパソコンにあったものを選ぶ。
(windowsならapbs-1.1.0-Windows.zip)

ダウンロードしてファイルを展開したら、Windowsフォルダ内に入っているapbs-1.1.0フォルダを適当な場所に移す。
（途中に空白が入る名前の場所だとエラーが出るバグがあるので、C:/が望ましい）

PDBファイルをAPBSで使うためのPQRファイルに変換する。

APBSのサイトからPQR変換のWebサービスのページへ移動するために、
下図の赤枠内「PDB2PQR web server」をクリック、
またはこちら→(PDB2PQR:http://pdb2pqr.sourceforge.net/)

PDB2PQRのページの真ん中あたりのavailabilityの段落にある
• Washington University in St. Louis をクリックする。

PDB形式のファイルをアップロードするか、PDBIDを入力する。

変換されたPQRファイルを適当な場所にダウンロードする。
（途中に空白が入る名前の場所だとエラーが出るバグがあるので、C:/が望ましい）

表示させたい構造のPDBファイルをPymolに読み込む。

PyMolのPluginタブにあるAPBS toolを開く

APBS location タブで以下を指定(Cドライブ直下 C:\にインストールしてあるとして）

APBS binary location	C:\apbs-1.1.0\bin\apbs.exe
APBS psize.py location	C:\apbs-1.1.0\share\tools\manip

次に、先ほどのpqrファイルを指定する。
Mainタブ→Use another PQRをチェックし、ダウンロードした.pqrファイルを指定。
Set gridを押した後、Run APBSボタンを押してしばらく待つ。

計算が終了したら、VisualizationタブのMolecular Surfaceのshowボタンを押す。

すると静電ポテンシャルが表示される。

できました。

BioKids.orgさんの方が参考になるかもしれないです・・・
BioKids.orgさんの表面電荷を描く