Modellerの基本的使い方 (Basic example) 2 : エラーが出ちゃったよ〜

modellerでModellerの基本的使い方1のようにファイルを用意して、いざ実行してみると以下のようなエラーがでて計算が開始されないことがあります。

read_te_290E> Number of residues in the alignment and  pdb files are different:      152      146
              For alignment entry:        1  PhoQ
                                 x  (mismatch at alignment position    147)
 Alignment   VAGESMLGGARMEVIFGRQHSAPKDE
       PDB   VAGESMLGGARMEVIFGRQH
     Match   ********************

  Please check your alignment file header to be sure you correctly specified
  the starting and ending residue numbers and chains. The alignment sequence
  must match that from the atom file exactly.

  Another possibility is that some residues in the atom file are missing,
  perhaps because they could not be resolved experimentally. (Note that Modeller
  reads only the ATOM and HETATM records in PDB, NOT the SEQRES records.)
  In this case, simply replace the section of your alignment corresponding
  to these missing residues with gaps.

*実際は赤で強調されません

エラーメッセージにもありますように、PDBフォーマット内には配列情報と構造情報のエントリがあります。しかし、配列情報に記載されている残基でもディスオーダーなどで構造が得られなかった残基は構造情報のエントリには記載されていません。
Modellerは構造情報が書いてあるエントリしか読んでおらず、構造情報に載っていない残基がアライメントファイル中に存在した場合は上のようなエラーを出します。
それが、この場合だとC末端のSAPKDEの6残基になります。
解決するには.aliファイル内の構造既知配列のSAPKDEのところを------に変えればＯＫです。
タンパクによってはN末端やC末端側だけではなく、内部でも抜けている所があるのでそこを全部"-"に変えます。

＊Modellerの基本的使い方1でダウンロードできるサンプルファイルはすでに修正してあります。

つづく...かも