NMRPipe をBashやZshから使いたい。2009年8月版(Ver 5.0)対応 - バイオ研究用サーバ設定と実験のメモと・・・

2009年8月リリースのNMRPipeではtcl置場が変ったため、以前の記事のスクリプトでは起動しなくなっていますので書き換えました。

NMRスペクトルプロセッシングソフトのNMRPipeにはcsh用の設定ファイルしか用意されてないため、bashやzshからは起動できません。
しかし、「漢ならばzshからも起動させたいものだ」と諸兄も考えていることと思います。

NMRPipeをbash/zshから起動させるにはcsh用の設定ファイル
./NMRPipe/com/nmrInit.linux9.com
をbash用に書き換えればよいです。
ということで、書き換えたものは以下になります。

それ以前のバージョン向けはこちら

1か所書き換えが必要な場所があるので、中を開いて該当部分を自分がNMRPipeをインストールしたディレクトリに書き換えます。

nmrInit.linux9.com.BashZsh.2009

 12 #vvvvvvvvvvvvCHANGE HEREvvvvvvvvvvvvvvvvvvvv
 13
 14 PIPE_PATH=$HOME/SOFTWARE/nmripe
 15
 16 #^^^^^^^^^^^^CHANGE HERE^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

その後このファイルを

/NMRPipeをインストールした場所/nmrpipe/com/.

に移動させます。

最後に
~/.zshrc
または
~/.bashrc
に

source /NMRPipeをインストールした場所/nmripe/com/nmrInit.linux9.com.BashZsh.2009

と、書き加えます。

shellを再起動したら、bashやzshからもNMRPipeが起動できるようになっています。

>view2D.tcl

などのtclを使用するコマンドも使えることをお確かめください。

Expiration Error(期限切れ）回避のためには、

export NMR_CONT=CORRECT_ALL　　　　　#2008年8月以降リリース版
export NMR_CONT=CORRECT    　　　　　#それより古いバージョン

と.bashrc、.zshrcに記述してください。