2012-06-19

NMRpipeでexpiration errorが出た。

最新版がNMRPipeのサイトからダウンロードできるよ！

http://spin.niddk.nih.gov/NMRPipe/install/
トップ少し下の『NMRPipe Installation Files』のあたり。

2010年以降のNMRPipeは期限切れ回避方法はわかりません。
以下の以下の方法でもなぜか使えないです。

それ以前のバージョンはNMR_CONT CORRECT_ALLで回避できます。
やりかたはこちら。

2008年リリースのNMRPipeで Expiration Error（期限切れ）が出た。

2012-06-19

Niレジンが還元剤で茶色くなってしまった。

それ、10%くらいの酢酸で洗えば透明になるよ！

His-tag精製の時にNiカラムに間違えてDTT入りバッファー通してしまったり、取説にある使用可能濃度だけ還元剤を入れたら、Niレジンが茶色くなってしまった。というのはよくあります。
茶色くなったNiが沈殿しているので、EDTAであらっても元に戻りません。しかし、少し濃いめ10%くらいの酢酸を入れると茶色が消えて透明になります。もちろん、漏れだしたニッケルが次のゲルろ過にアプライした時に茶色くなってくっついてしまったという場合にも使えます。

私は茶色くなってしまった場合、念のため100 mM程度のEDTAでNi洗った後、6 Mグアニジン・１０％酢酸で洗います。ニッケルを外して再吸着させたい場合なども、同様な処理をします。

ただし、GEのNi Sepharose High Performance (HisTrap HP) などは一度Niを外すと元通りの性能を発揮できないそうなので、ある程度の諦めが必要だとおもいます。（2012年６月に発売されたHisTrap excelは確認してませんが、同様かもしれません。）

2012-03-06

２次構造計算サーバDSSPでエラーが出た時

PDBファイル形式の構造データから２次構造を計算してくれるDSSPで以下のようなエラーが出ることがある。

Error
Something went wrong processing your request.
basic_string::substr

PDBファイルのATOMエントリーが規定通りの形式ではないために起こる。
ATOMエントリーは規定では８０行目までデータが書き込まれている参照.

DSSPは５４行目の座標情報までしか必要としないが、その後にすぐ改行があったりするとエラーとなる。
上記のようなエラーが出た場合は行末に適当な空白を付加すれば良い。

例えばviでは

:500,200 s/$/            /

:ATOMエントリーの最初の行番号,終わりの行番号 s/$/  （適当なスペース）                            /

2012-02-08

ESPript 2.3のLinuxコマンドラインでの使い方

Linuxへのインストールの仕方は以前の記事参照

ESPriptの実行

$ ESPript

対話式にパラメーターを入力していく。

とりあえず、動かしたい。

1. Alignment file from MULTALIN/CLUSTAL/MUSCLE/GCG/SEAVIEW/MAXHOM/THREADER/PDB
    with possibility PDB file for score in Bfac column
    or list of intermolecular contacts generated with CNS:
 file.aln [fragment(5-50)] [first residue(1)] [continue(+)] file.pdb cns.list
hogehoge.aln ←アライメントファイルの場所を入力する。

> File to open: hogehoge.aln 
.
.
.（以下ずっとリターン）

ポストスクリプトファイルが生成される。

hogehoge.ps

ポストスクリプトファイルをPDFファイルに変換する。

$ ps2pdf hogehoge.ps

hogehoge.pdfが生成される。

適当なPDFリーダーで読む。
例：Acrobat Readerの場合

$ acroread hogehoge.pdf

2012-02-08

アライメント作図ソフト　ESPriptのLinuxへのインストールの仕方

http://espript.ibcp.fr/download/からESPript-2_3-www-3_06_02.tar.gz を適当な場所にダウンロードする。

解凍

$ tar zvfx ESPript-2_3-www-3_06_02.tar.gz

g77をインストールする。以前の記事参照

Makefileの10行目の

F77 = f77

を

F77 = g77-3.3

に書き換える。

コンパイル

$ perl install.pl -make

./ESPript-2_3-www-3_05/bin/ 以下にコンパイルされたソフトができる。

$ ls ./bin                             
blast_clustal*  ESPript*  ESPript_clean.pl-distrib*  pdb2dssp.pl*  rms*  spdb*  superpo*

適当なパスが通っている場所にrootコピー
例：ルートユーザになって/usr/local/binにコピー

cd ./bin
sudo cp ./* /usr/local/bin

コンソールを再起動。（またはsource ~/.bashrcでシェルを再読み込み）

ESPriptを使う。

$ ESPript

で対話式に作業が可能。

使い方に続く・・・

2012-02-08

openSUSE 12.1にFortran コンパイラ(g77、gfortran)をインストールする。

openSUSE 12.1にFortran 77コンパイラのg77およびFortran 95/2003/2008コンパイラのgfortranをインストールする方法。

アプリケーションランチャー（左下のカメレオンマークのアイコン）からYaST2（Administration settings)を開く。

YaST2->ソフトウェアマネージャーを開く。
fortranで検索する。

その中に以下のパッケージが表示される。

□gcc-fortran
□gcc46-fortran
□gcc33-fortran

このうち、gcc46-fortran(gcc-fortranも同じ)はgfortran(Fortran 95/2003/2008コンパイラ)がインストールされ、gcc33-fortranはg77-3.3(Fortran 77コンパイラ）がインストールされる。

それぞれ以下のコマンドで使用できる。

$ gfortran hogehoge.f95
$ g77-3.3  hogehoge.f

2012-02-05

Clustal Omega (Linux 版 v1.0.3)の使い方

ClustalWの新バージョンclustal Omega(Sievers 2011)のコマンドラインでの使い方。

Clustal Omegaの特徴は早くて　そこそこ正確。しかし、v1.0.3現在アミノ酸配列にしか使えない。
(ClustalW2に比べると、より速く、正確性はアップ.Sievers 2011 Table1 参照）

インストールはバイナリ版が置いてあるので、それを適当な場所にコピーするだけです。

ウェブ版はこちら

clustalW2では対話形式のコマンド入力ができたが、Omegaではソフトウェア名の後にオプションを一行で入力する。

とりあえず、走らせたい

$ clustalo -i 配列ファイル.fasta -o　出力ファイル名.aln

何も考えず--autoオプションつけたほうが良い。

$ clustalo --auto -i 配列ファイル.fasta -o 出力ファイル

オプションをいろいろつけられるが、よくわからないという人はとりあえず--autoをつけておく。
iteration回数が増えたりする。たいていこの方が良くなるので何も考えずに--autoをつけておいたらよい。

上書きしたい

$ clustalo --auto -i 配列ファイル.fasta -o 出力ファイル.aln --force

同じ名前の出力ファイルに上書きします。

Sievers, Fabian et al. 2011. “Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.” Molecular Systems Biology 7:539. Retrieved October 11, 2011 (http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=3261699&tool=pmcentrez&rendertype=abstract).